商务部门通常包括以下职能和机构：
办公室：
负责日常行政事务和文件处理。
综合调研科：
负责政策研究和综合分析。
法规科：
负责相关法律法规的制定和解释。
财务审计科：
负责财务管理和审计工作。
人事科：
负责人事管理和员工培训。
对外经济合作科：
负责对外经济合作和投资项目的管理。
对外贸易科：
负责对外贸易的管理和协调。
投资管理科：
负责投资项目的审批和管理。
商贸服务科：
负责商业服务和贸易促进。
市场运行调节科：
负责市场运行监测和调节。
流通业发展科：
负责流通产业的发展规划和管理。
电子商务科：
负责电子商务的推广和应用。
市场体系建设科：
负责市场体系建设和规划。
加工贸易科：
负责加工贸易的管理。
口岸科：
负责口岸管理和进出口业务。
市场秩序科：
负责市场秩序维护和监管。
商务系统直属分工委：
负责商务系统党的工作和离退休人员管理。
企业维稳和离退休人员管理科：
负责企业稳定和离退休人员的服务管理。
此外，商务部还可能包括其他专门机构，如国际贸易谈判代表秘书局、国家茧丝绸协调办公室、国务院反垄断委员会办公室等。
这些部门和机构的具体职责和业务范围可能因地区和层级的不同而有所差异。在一些情况下，商务部门还可能包括电子商务、市场研究、产业安全、投资促进、市场秩序维护等多个方面的职能。