水利基金的报税流程如下：
登录电子税务局
使用税号和密码登录当地电子税务局网站，或者通过插入金税盘以证书方式登录。
申报增值税
在申报期限内（一般为每月1号至15号），首先完成增值税的申报工作。
申报城建税和教育附加
增值税申报完成后，在申报城建税和教育附加费税报表中，地方水利基金将包含在这个报表中。系统会自动核算地方水利基金的纳税数额，填写完当月的增值税金额后，系统会自动计算出应缴纳的地方水利基金金额。
填写水利建设基金申报表
登录电子税务局，找到水利建设基金申报表，填入对应月份的收入数据，保存并提交申报缴纳。
注意事项
地方水利基金的收费标准可能因地区而异，一般情况下是以当月要缴纳的增值税金额的0.5%征收。
如果收入中包含增值税应税项目，需要按照增值税规定缴纳增值税。
水利建设专项收入一般属于增值税免税项目，但若包含增值税应税部分，则需缴纳增值税。
企业所得税方面，水利建设专项收入属于企业经营所得，需要计算应纳税所得额和应纳税额，并按规定申报纳税申报表及缴纳企业所得税。
印花税方面，一般不需要缴纳，但若收入中包含应纳印花税部分，则需按规定缴纳。
请根据当地的具体税收政策和相关法律法规进行报税，确保申报的准确性和合法性。