物流公司在赔偿货物损失时，主要依据以下原则和方法：
保价赔偿
若寄件人选择了保价服务，则快递公司会按照保价金额进行赔偿。例如，若保价金额为5000元，则丢失或损毁时，快递公司应赔偿5000元。
若快递仅部分损毁，则按照保价额与邮件全部价值的比例进行赔偿。
未保价赔偿
若未购买保价险，赔偿通常限于所收邮费的三倍。例如，若运费为10元，则最高赔偿额为30元。
若未保价且无明确约定，则需根据《民法典》等相关法律规定，按照货物到达地的市场价格计算赔偿额。寄件人需承担举证责任，证明货物的实际价值，否则可能难以获得足额赔偿。
部分损毁赔偿
若货物部分损毁，则按照快件丧失价值占总价值的比例，参照快件丢失赔偿额度的相同比例进行赔偿。
不可抗力、自然性质或合理损耗
若快递的损坏是由不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，快递公司不承担赔偿责任。
法律依据
赔偿标准主要依据《中华人民共和国邮政法》、《中华人民共和国民法典》以及《快递暂行条例》等相关法律法规。
额外赔偿
若因快递公司原因导致货物丢失或损毁，消费者有权要求快递公司退还已收取的服务费用，并可能获得额外的赔偿。
建议
选择保价服务：建议寄件人在邮寄重要文件或高价值物品时选择保价服务，以便在货物丢失或损毁时能够获得更充分的赔偿。
明确约定：在寄件时，应与快递公司明确约定赔偿方式及限额，以避免后续纠纷。
保留证据：在货物丢失或损毁后，应妥善保留相关凭证，如快递单号、包装清单等，以便在索赔时提供必要证据。
及时投诉：若与快递公司协商无果，可向消费者保护协会或相关监管部门投诉，以维护自身权益。