自用厂房需要申报的税种主要包括以下几种：
房产税
根据《中华人民共和国房产税暂行条例》，个人所有、规划用途为商铺、厂房等非住宅类房产，需依法申报缴纳房产税。
自建厂房自建成之次月起征收房产税，无论会计上是否计入固定资产，均应按房产原值计算缴纳房产税。
城镇土地使用税
如果厂房建设在城镇土地使用税征税范围内，需缴纳土地使用税。
增值税
自建厂房过程中，涉及建筑、材料购买等，可能需要缴纳增值税。但根据相关文件，公司自建并自用的厂房不需要交纳增值税。
印花税
在自建厂房过程中，涉及到各种合同，如建筑合同、采购合同等，这些都需要缴纳印花税。
土地增值税
若涉及土地转让，还可能产生土地增值税。土地增值税应就转让厂房的收入减去有关扣除项目后的增值额，依超率累进税率计算缴纳。
企业所得税
企业应当就其生产、经营所得和其余所得计算缴纳企业所得税，而出售厂房收入属于税法所列举的财产转让收入，因此，应并入收入总额，依法计算缴纳企业所得税。
建议
房产税和土地使用税：无论厂房是否出租，均需按相关规定申报缴纳。
增值税：如果厂房涉及对外销售，需要缴纳增值税；若仅用于自用，则不需要缴纳。
印花税：在签订相关合同时需要缴纳。
土地增值税和企业所得税：在厂房转让或出售时，需要按规定计算和缴纳。
建议在具体操作前，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保合规申报和缴纳税款。