定额发票需要存根的原因主要有以下几点：
财务核算的有效证明：
定额发票是作为实际支出成本凭证使用的，其存根可以作为财务核算的有效证明，帮助企业在税务信息核查时核实费用的准确来源，保证财务费用的实际报销情况。
准确记录财务支出：
定额发票可以直接核销，从而及时准确地记录财务支出。没有存根，就无法准确记录这些支出，可能导致财务核算的准确性下降或出现不适当的支出。
做账的依据：
定额发票的存根需要作为会计记账的依据。例如，在会计分录中，定额发票的存根可以用于记录应收账款和主营业务收入等账目。
查账对账：
发票存根联的作用是为了以后查账对账。在领购发票时，需要携带发票存根联，以便于后续的账目核对和审计。
遵守税务规定：
根据税务机关的规定，已经开具的发票存根联和发票登记簿应当保存五年，这是为了确保税务资料的完整性和可追溯性。
综上所述，定额发票的存根在财务核算、税务核查、查账对账以及遵守税务规定等方面都具有重要意义，因此必须妥善保存。