办理银行第三方协议通常需要以下步骤：
准备材料
税局提供的三方协议书一式三份，该协议书到税局免费领取，单位盖公章，然后到开户银行盖章。若没有开户，需先开立银行账户。
银行账户开户许可证原件和复印件，以证明单位户名和账号。
税务登记证副本复印件原件和复印件。
公章。
填写协议
到税务局领取三方协议，填写单位名称、纳税人识别号、开户银行、账号并加盖公章。
将填写好的协议送主管税务机关进行协议编号，并填写征收系统中纳税人信息、税务机关代码、负责人签字、税务局盖章。
银行盖章
将税务签字盖章后的协议送开户银行，银行签字盖章后，将相关信息录入委托交纳税款系统，并退回协议的企业联、税务联，同时出具信息录入回单。
提交税务大厅
将银行退回的三方协议税务联、银行信息录入回单交给纳税服务大厅，大厅人员与银行进行验证，成功后，即完成三方协议的所有手续。
注意事项
在签订三方协议时，应注意细节，以免出现争端。协议文本应详细列明合作各方的身份信息、违约责任、争议解决等条款，确保内容全面、准确、无歧义。
签订三方协议前，各方需明确各自的权利与义务，以确保协议的合法性和有效性。
建议：
提前准备好所有必需的材料，确保材料的真实性和完整性。
在填写协议时，仔细核对各项信息，避免错误。
与银行和税务局保持沟通，确保协议签订过程顺畅。