企业被核查的原因可能包括以下几点：
税务稽查
被抽查：企业的名字会进入税务稽查系统的数据库，税务局会从中抽取一定比例的企业进行检查，无论企业多么规范，都有可能被检查。
涉税风险或不规范情况：如果企业存在涉税风险或不规范的情况，被税务稽查的概率会增加。
内部举报
家族企业举报：家族企业内部的成员可能会举报大股东或其他成员。
财务高管举报：公司的财务高管可能会举报公司存在的违规行为。
同行举报：竞争对手或其他企业可能会举报存在问题的企业。
数据分析
税务系统分析：税务系统会对企业的涉税事项进行数据分析，如果发现企业经营异常，企业会被列入税务稽查系统的异常企业数据库，从而增加被稽查的概率。
关联因素
其他行政机关交办：企业如果收到其他行政机关的交办、转办或关联的税务稽查，可能会被关联稽查。
往来企业问题：与有往来的企业被查出偷税漏税行为，可能会导致您的企业被关联稽查。
企业存在问题
长期零申报或亏损：企业长期零申报或长期亏损却未倒闭，可能会引起税务部门的注意。
税务申报不完整：未按规定时间进行税务申报或报税不完整，会被认为是违规行为。
未申报或少申报税费：企业存在房产但未交房产税、土地使用税，或有收入、成本但未申报印花税等，会被认为是偷税漏税。
收入、利润波动大：收入、利润波动较大且不符合行业规律，会引起税务部门怀疑。
新成立公司短期内开票量剧增：新成立的公司在短期内开票量剧增，税局大数据会发现异常，从而进行核查。
现斤交易和私户收款：存在大量现金交易和私户收款，企业法人、股东或员工个人银行卡存在大量频繁收支，会引起税务部门注意。
人员、场地、设备规模与收入不符：员工人数、经营场地、设备规模与收入不符，可能会被认为是虚增收入或成本。
应收账款、应付账款长期挂账：企业应收账款、应付账款长期挂账，存在虚增收入、虚列成本的嫌疑。
进销交易不匹配：进销交易不匹配，如购进手机却销售电脑，会引起税务部门怀疑。
费用开支过高：各项费用开支明显偏高且不符合行业平均水平，会被认为是偷税漏税。
预收账款、存货长期居高不下：账面预收账款、存货长期居高不下，可能少计收入，存在偷税漏税嫌疑。
报表收入不一致：增值税与企业所得税报表收入不一致，会引起税务部门怀疑。
只有进项没有销项或只有销项没有进项：企业只有进项没有销项或只有销项没有进项，会被认为是偷税漏税。
实名举报：企业被实名举报存在违规行为，税务部门会进行核查。
综上所述，企业被核查的原因多种多样，主要包括税务稽查、内部举报、数据分析、关联因素以及企业自身存在的问题。企业应遵守相关税法规定，规范经营，以降低被核查的风险。