交警不能扣军车的原因主要在于 军车享有特殊权利和管理权。具体原因如下：
军队和政府平行权利关系：
在我国，军队和政府是平行权利关系，交警作为政府部门的一部分，无权干涉军队事宜。因此，交警不能直接扣留军车。
军车的道路豁免权：
军车有道路豁免权，可以免交一切道路通行费，并且不属于交警的管辖范围。根据《交通法》的规定，在道路上行驶的车辆都归交警管理，但解放军和武警的车辆属于特殊车辆，不在交警的管辖范围内。
部队直接管理权：
部队的车辆和驾驶员的管理权归部队直接管理，由军车纠察具体执行管理任务。交警在军警军发生事故时有权暂扣车辆，但要及时通知部队，因需要交警应部队的邀请可协同部队查处军警车。
军车执行紧急任务时的优先通行权：
在执行紧急任务时，军车为了保障国家安全和人民利益，享有优先通行权。交警会给予必要的配合，但这并不意味着他们对军车违章行为视而不见。
交警与部队的协同处理：
在军车发生事故时，交警有权暂扣车辆，并及时通知军车所在部队。若涉及地方人、车、物损失，由部队负责处理交通事故的部门处理。交警在接到部队邀请后，可协同部队查处军警车。
综上所述，交警不能扣军车是因为军车享有特殊权利和管理权，由部队直接管理，并且交警在特定情况下可以协同部队处理相关情况。