机密文件应当存放在符合保密要求的场所和部位，以下是一些建议：
保密柜或密码文件柜：
涉密文件必须存放在配备保密柜、密码锁等安全设备的专门保密室。保管人员要定期对涉密文件进行清点、核对，确保文件数量准确，无丢失、损坏等情况。严禁私自留存、复印、摘录、转发涉密文件内容。如需复印等操作，必须按照规定履行审批手续，并在指定的设备上进行，复印件同样按涉密文件管理。
符合国家保密标准的设施、设备：
秘密级国家秘密载体应当存放在符合国家保密标准的设施、设备中保存，并指定专人管理。绝密级国家秘密载体应当在符合国家保密标准的设施、设备中保存，并指定专人管理；未经原定密机关、单位或者其上级机关批准，不得复制和摘抄；收发、传递和外出携带，应当指定人员负责，并采取必要的安全措施。
加密存储：
手机加密文件一般保存在手机的保密柜里，打开文件管理，点击保密柜，输入隐私密码，即可查看到手机加密后的文件。
文件安全管理系统：
可以使用专业的文件安全管理系统，如安企神软件，它提供文件加密功能、图纸加密、防泄密系统等，特别适合行业版用户。
严格控制知悉范围：
在处理涉密文件过程中，要严格控制知悉范围，不将涉密文件带出办公区域，不在办公场所外区域打印、复印、扫描涉密文件、资料。办理完涉密文件资料后，要及时退回机要保密室。
综上所述，机密文件的存放应遵循以下原则：
使用专业的保密设备，如保密柜和密码锁。
存放在符合国家保密标准的设施、设备中。
采用加密技术保护文件安全。
严格控制文件知悉范围，确保文件安全。
建议根据具体情况和实际需求，选择合适的存放方式和工具，以确保机密文件的安全。