隔离40天的做法起源于14世纪的意大利威尼斯，当时为了防止鼠疫（黑死病）、霍乱和疟疾等传染病的传入，威尼斯规定抵达其口岸的外国船只上的人员必须扣留停泊40天。这段时间是为了让可能携带的传染病通过潜伏期得以暴露，以便口岸当局进行观察和检查。如果船上人员在40天的隔离期内未出现疾病症状，才会被允许离船登陆。
这一做法基于当时医学知识的认识，即某些传染病如鼠疫可能需要40天的时间才能显现出症状。随着时间的推移，这一隔离期限也被应用到其他领域，如动物检疫和植物检疫，以预防动物和植物携带的危险性病虫害传播。
此外，隔离40天的做法也与宗教因素有关，例如基督教中的“40天净化期”概念，它在当时欧洲的健康实践中已有所体现。
需要注意的是，隔离期限可能会随着科学技术的发展和疫情的变化而调整。例如，对于新冠病毒的隔离期限，根据世界卫生组织的建议，被感染者的隔离期被设定为14天，因为大多数病毒在感染人体后14天内会出现症状。